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In Dallas wird ein Bürogebäude in die Luft gesprengt. Die FBI-Agenten Fox Mulder und Dana Scully - nach Schließung der X-Akten zur Anti-Terror-Einheit versetzt - versuchen, den Fall aufzuklären. Im Zuge der Ermittlungen lernen sie den Schriftsteller Dr. Kurtzweil kennen, der ihnen von einer großangelegten Verschwörung erzählt: Außerirdische planen gemeinsam mit der einflußreichen Organisation "Das Syndikat" die Übernahme der Erde. Und die Kolonisation, die sich mittels eines mutierten Virus ausbreitet, schreitet rapide voran...
Als die NASA einen Asteroiden von der Größe des Bundesstaates Texas entdeckt, der sich auf Kollisionskurs mit der Erde befindet und diese in voraussichtlich 18 Tagen erreichen wird, scheint es nur eine Möglichkeit zu geben, die drohende Apokalypse zu verhindern und das Überleben der Menschheit zu sichern. Ein Team, bestehend aus erfahrenen Astronauten und dem weltbesten Bohrteam, wird nach einem kurzen Spezialtraining ins All gesandt, um den riesigen Felsen vor seinem Zusammenstoß mit der Erde mit Hilfe eines nuklearen Sprengkopfes zu zerstören.
Seit Anbeginn der Föderation stand die Erste Direktive fest: keine Expedition der Sternenflotte darf in die natürliche Entwicklung anderer Zivilisationen eingreifen. Aber jetzt wird Picard mit Befehlen konfrontiert, die dieses Gebot untergraben.
Ein lautes Brüllen, schwere Schritte, die die Erde erschüttern lassen: Godzilla, eine nach französischen Atomversuchen zum Monster mutierte Echse, hält Einzug in New York und hinterläßt eine Spur unvorstellbarer Verwüstung. Das Militär ist machtlos gegen die Urgewalt des übermächtigen Gegners, selbst Raketen perlen an Godzilla ab wie Wassertropfen. Während die unverzagte Schlacht gegen die todbringende Kreatur immer wütender entbrennt, machen der Biologe Nick und der französische Geheimagent Roache die furchterregende Entdeckung, daß Godzilla Manhattan nicht zufällig angesteuert hat. Hinter seiner Wut lauert eine viel größere Gefahr. Eine Gefahr, die das Ende der Welt bedeutet, wenn nicht sofort gehandelt wird.