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Vor Japans Küste werden Boote von einem gigantischen Monster angegriffen und versenkt. Die Einwohner der Odo-Insel nennen es Godzilla. Der Wissenschaftler Dr. Yamane vermutet, dass es sich um einen 50 m großen Dinosaurier aus der Jura-Periode handelt, dass durch Atombomben aufgeschreckt wurde und nun sein Unwesen treibt. Godzilla legt Tokio in Schutt und Asche, das Militär kann das Monster nicht aufhalten. Dr. Serizawa hat eine todbringende Erfindung gemacht, doch er hat Angst, diese einzusetzen. Erst als er sieht, was Godzilla angerichtet hat, kann seine Freundin Emiko ihn überzeugen seine Waffe einzusetzen.
In Japan ereignen sich unerklärliche Naturkatastrophen, UFOS tauchen auf und ein riesiges Robot-Ungetüm verwüstet einen Landstrich, ohne dass das Militär ihn auch nur beschädigen kann. Kurz darauf erhebt sich eine gewaltige, weiße Kuppel aus dem Boden, deren Besitzer mit den Menschen Kontakt aufnehmen. Sie bezeichnen sich selbst als Mysterians und stammen von einem mysteriösen zerstörten Planeten, der einst jenseits der Marsbahn durch unser Sonnensystem zog…