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Ein doppelt riskanter Job: drei Jahre lang erledigt der hochbegabte Computerspezialist Michael Jennings Geheimaufträge für die Rethrick-Corporation. Er weiß genau, auf was er sich dabei einlässt. Denn die Bezahlung ist hoch! Einzige Bedingung: alle Erinnerungen werden nach Beendigung der Projekte aus dem Gedächtnis gelöscht. Doch statt des Geldes erwartet ihn nur ein Umschlag mit zwanzig scheinbar wertlosen Dingen. An der Seite Rachels beginnt ein lebensgefährliches Verwirrspiel zwischen Vergangenheit, Gegenwart und Zukunft.
FBI-Agentin Monica Bannan wurde entführt, möglicherweise sogar getötet. Ihre Kollegin Dakota Whitney stößt bei den Ermittlungen auf Probleme. Pater Joseph Crissman, dem ein Ruf als Pädophiler anhaftet, bietet eine heiße Spur, spricht aber von geheimnisvollen Visionen - die Bundesbehörden werden misstrauisch. Obwohl ihr Partner Mosley Drummy dagegen ist, greift Whitney zu einem letzten Strohhalm und versucht über Ex-Agentin Dana Scully, mittlerweile in einem Krankenhaus beschäftigt, Fox Mulder zu erreichen. Der Spezialist für Übersinnliches ist sechs Jahre nach seinem unglücklichen Ausscheiden beim FBI untergetaucht. Er zögert kurz, willigt schließlich aber ein und gewinnt schnell das Vertrauen von Pater Crissman. Dann verschwindet eine zweite Frau...
Kirsty Cotton ist mittlerweile mit ihrem Mann Trevor verheiratet. Dieser plante allerdings, seine Frau, welche er mit drei anderen Frauen betrog, zusammen mit einem Komplizen zu töten, um an Kirstys Erbe zu kommen. Als Kirsty gemeinsam mit ihrem Mann unterwegs ist, geschieht ein Unfall und ihr Auto stürzt in einen See. Ihr Mann kann sich retten, doch Kirsty ist verschollen. Traumatisiert und von Alpträumen geplagt, versucht ihr Ehemann wieder ins Leben zurückzufinden, doch dann wird er von der Polizei des Mordes an Kirsty verdächtigt. Bei dem Versuch, seine Unschuld zu beweisen, stößt er auf ein Komplott. Denn Kirsty ist nicht tot, stattdessen ist sie wieder eine Allianz mit dem Pinhead eingegangen, um ihr eigenes Leben zu retten. Denn nachdem Trevor ihr einen geheimnisvollen Würfel geschenkt hatte, waren die Zenobiten wieder auf Kirstys Spur gekommen.