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Ein doppelt riskanter Job: drei Jahre lang erledigt der hochbegabte Computerspezialist Michael Jennings Geheimaufträge für die Rethrick-Corporation. Er weiß genau, auf was er sich dabei einlässt. Denn die Bezahlung ist hoch! Einzige Bedingung: alle Erinnerungen werden nach Beendigung der Projekte aus dem Gedächtnis gelöscht. Doch statt des Geldes erwartet ihn nur ein Umschlag mit zwanzig scheinbar wertlosen Dingen. An der Seite Rachels beginnt ein lebensgefährliches Verwirrspiel zwischen Vergangenheit, Gegenwart und Zukunft.
Als Familienvater Adam Gibson (Arnold Schwarzenegger) eines Tages von der Arbeit nach Hause kommt, muss er schockiert feststellen, dass ein Klon seinen Platz eingenommen hat. Noch ehe er herausfinden kann, wer ihn geklont hat und warum, ist ihm auch schon die Killertruppe eines mächtigen Wirtschaftskartells auf den Fersen. Doch so leicht lässt sich Gibson nicht abservieren und setzt alles daran, sein altes Leben wieder zurück zu bekommen. Bald wird auch seinen Widersachern klar, dass sie den falschen Mann geklont haben!
FBI-Agentin Monica Bannan wurde entführt, möglicherweise sogar getötet. Ihre Kollegin Dakota Whitney stößt bei den Ermittlungen auf Probleme. Pater Joseph Crissman, dem ein Ruf als Pädophiler anhaftet, bietet eine heiße Spur, spricht aber von geheimnisvollen Visionen - die Bundesbehörden werden misstrauisch. Obwohl ihr Partner Mosley Drummy dagegen ist, greift Whitney zu einem letzten Strohhalm und versucht über Ex-Agentin Dana Scully, mittlerweile in einem Krankenhaus beschäftigt, Fox Mulder zu erreichen. Der Spezialist für Übersinnliches ist sechs Jahre nach seinem unglücklichen Ausscheiden beim FBI untergetaucht. Er zögert kurz, willigt schließlich aber ein und gewinnt schnell das Vertrauen von Pater Crissman. Dann verschwindet eine zweite Frau...