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Vor Japans Küste werden Boote von einem gigantischen Monster angegriffen und versenkt. Die Einwohner der Odo-Insel nennen es Godzilla. Der Wissenschaftler Dr. Yamane vermutet, dass es sich um einen 50 m großen Dinosaurier aus der Jura-Periode handelt, dass durch Atombomben aufgeschreckt wurde und nun sein Unwesen treibt. Godzilla legt Tokio in Schutt und Asche, das Militär kann das Monster nicht aufhalten. Dr. Serizawa hat eine todbringende Erfindung gemacht, doch er hat Angst, diese einzusetzen. Erst als er sieht, was Godzilla angerichtet hat, kann seine Freundin Emiko ihn überzeugen seine Waffe einzusetzen.
Um den permanenten Angriffen Godzillas auf Japans Städte ein Ende zu bereiten wird das G-War Hauptquartier eingerichtet. Dort entwickelt man eine Anti-Godzilla-Bombe die ein schwarzes Loch erzeugt, das das grüne Monster aufsaugen soll. Während eines letzten Tests unterläuft ein Fehler und das Tor zu einer anderen Dimension wird geöffnet. Heraus kommt eine Riesenlarve aus der nach kurzer Zeit 5-Meter-lange Riesenlibellen schlüpfen, die Meganulas. Sie sammeln Energie und pumpen sie in eine weitere Larve aus der schließlich jenes Monster schlüpft mit dem selbst Godzilla nicht gerechnet hätte: Megaguirus ein gigantischer Riesenkäfer. Der will sofort Godzillas Energie anzapfen und so wird Japan schließlich zum Schlachtfeld auf dem sich Godzilla, Megaguirus und die Menschheit gegenüber stehen...