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In allerletzter Sekunde kann der Flash alias Polizeiwissenschaftler Barry Allen die Detektivin Megan aus den Händen des Wahnsinnigen James Jesse befreien. Megan übergibt den gesuchten Schwerverbrecher, der sich in sie verliebt hat, der Polizei. Der schwört dem blitzschnellen Supermann ewige Rache, kann bei der Gerichtsverhandlung in Central City mit Hilfe seiner Verehrerin Prank entkommen, und versetzt hinfort als Trickser die Stadt in Angst und Schrecken, immer auf der Suche nach dem Flash. Es gelingt ihm, Flash zu entführen und nach einer Gehirnwäsche zu seinem Komplizen zu machen. Doch Megan und Barrys platonische Liebe Tina verhindern das Schlimmste und befördern den Trickser in die Gummizelle.
Als Captain Amazing, der legendäre Superheld von Champion City, in die Hände des wahnsinnigen Casanova Frankenstein und seiner discotanzenden Spießgesellen fällt, können unsere hoffnungsvollen Superhelden endlich zeigen, was in ihnen steckt. Sie sind die Mystery Men, ein bunt zusammengewürfeltes Team von Möchtegern-Superhelden bestehend aus: Mr. Furious, der seine Kraft aus seiner unbändigen Wut bezieht, Shoveler, ein Vater, der besser schaufelt als jeder andere, Blue Raja, ein gabelwerfendes Muttersöhnchen, Bowler, in deren Verbrechensbekämpfungsmethoden der Schädel ihres Vaters eine tragende Rolle spielt, Spleen, dessen Macht in seinen Blähungen liegt, Invisible Boy, der nur sichtbar ist, wenn gerade niemand hinschaut, und Sphinx, ein Klischees versprühender Philosoph. Mit seinen haarsträubenden Abenteuern, seiner unglaublichen Besetzung und seinem alternativen Humor ist "Mystery Men" so unwiderstehlich komisch, daß einmal Ansehen längst nicht genügt.
Nach ihrem endgültigen Sieg über den bösen Schredder haben sich die vier Ninja-Kampfschildkröten mit ihrem Meister Splinter abermals in der heimischen New Yorker Metro zurückgezogen. Dort trainieren sie tagein, tagaus ihre Kampfsportübungen und gehen vor Langerweile beinahe zugrunde. Umso mehr freuen sie sich, als ihre Freundin April zu Besuch kommt und ein antikes Zepter aus dem feudalen Japan mitbringt. Eigentlich als Geschenk gedacht, entpuppt sich das Utensil schnell als ein Zeitreiseapparat, der April zurück ins Japan des 17. Jahrhunderts befördert und an ihrer Stelle einen japanischen Feudalherren nach New York transportiert. Die vier Jungs zögern natürlich nicht lange und reisen ebenfalls durch die Zeit, um April zu retten. Auf die zum Tausch in New York gelandeten Japaner müssen derweil Splinter und ihr guter Freund Casey Jones aufpassen...
Die Handlung dreht sich darum, dass Superheldin Tank Girl und ihre Rebellengruppe von Water & Power angegriffen werden. Diese mächtige Organisation, die das verbleibende Wasser auf einer dystopischen Erde kontrolliert, wird von Kesslee (gespielt von Malcolm McDowell) geführt.