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2065: Nach dem Einschlag eines Meteors überschwemmen bösartige Aliens die Erde. Die Wissenschaftlerin Dr. Aki Ross birgt die letzte Hoffnung für die Menschheit. Unterstützt durch ihren Mentor Dr. Sid und die Soldatentruppe "Deep Eyes", unter Führung von Captain Gray Edwards, kämpft Dr. Ross nicht nur gegen die Aliens, sondern auch gegen General Hein, der auf eigene Faust versucht die Welt vor dem Untergang zu bewahren ...
Der verrückte Dr. Who möchte im ewigen Eis das radioaktive "Element X" bergen, um eine Atombombe zu basteln und damit die Welt zu erpressen. Für die Bergung konstruiert er einen riesenhaften Roboter nach King Kongs Vorbild. Als "Robot-Kong" in die Nähe des Element X kommt, schmoren seine Schaltkreise durch. Also läßt Dr. Who den echten King Kong von seiner Insel entführen, um ihn für die Bergung von Element X zu missbrauchen. Doch King Kong kann fliehen und macht sich auf den Weg nach Tokio. Dr. Who reist mit Robot-Kong ebenfalls nach Tokio, um King Kong wieder einzufangen. Zwischen dem Riesenaffen und seinem mechanischen Ebenbild entbrennt ein Kampf auf Leben und Tod...