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Moskau während des Kalten Krieges: Gerüchte um ein angebliches Superhelden-Programm des Erzfeindes USA kann und will die sowjetische Führung nicht auf sich sitzen lassen. Durch gezielte Manipulation ihrer DNS-Stränge werden Ler, Arsus, Khan und Kseniya zur eigenen übermenschlichen und schlagkräftigen Verteidigungstruppe umfunktioniert. Doch durch den Verfall der UdSSR und die Abkühlung des Kalten Krieges werden die GUARDIANS nicht mehr benötigt und müssen untertauchen – bis eines Tages mit Kuratov ein neuer, würdiger Gegner auf den Plan tritt: Mit einer gigantischen Cyborgarmee legt er Moskau in Schutt und Asche und ist kurz davor, das ganze Land zu unterwerfen. Das Militär ist machtlos, aber die GUARDIANS sind es nicht!
Diese sechs Kinder sind keine durchschnittlichen Kinder. Ihre Namen sind Max (14), Fang (14), Iggy (14), Nudge (11), Gazzy (8) und Angel (6). Sie sind menschliche Hybride, denn ihrer menschlichen DNA wurde 2 % Vogel-DNA hinzugefügt. Mit Hilfe ihres Betreuers (Jeb Batchleder) ist es ihnen gelungen, aus dem Labor, welches sie „Die Schule“ nennen, zu entkommen und seitdem leben sie in den Bergen, auch nachdem Jeb stirbt. Als aber die Wärter der Schule, die zur Hälfte Wölfe sind, Angel entführen, begibt sich der Rest der Gruppe auf eine abenteuerliche Reise, um sie zurück zu bekommen. Auf ihrem Weg werden ihre mysteriöse Vergangenheit und auch einige erstaunliche Geheimnisse offenbart...
Der Ermittler Danny Colt kehrt nach seiner Auferstehung von den Toten mit einer besonderen Fähigkeit zurück: er kann nicht sterben. Als maskierter Rächer „The Spirit“ unterstützt er fortan die Polizei des Molochs Central City bei der Verbrechensbekämpfung.Über seine undurchsichtige Jugendliebe – die durchtriebene Meisterdiebin Sand Saref -, gerät er erneut an seinen Erzfeind Octopus. Mit seiner attraktiven Gehilfin Silken Floss ergeht sich der (größen-)wahnsinnige Wissenschaftler nicht nur in Allmachtsphantasien und Weltherrschaftsutopien, sondern teilt auch ein Faible für irrwitzige Kostümierungen und theatralische Auftritte. Lediglich "The Spirit" scheint in der Lage, dem illustren Treiben ein für alle Mal ein Ende zu setzen.
Bisher sind keine spezifischen Details zur Handlung, dem Schauplatz oder den Charakteren vom Super Mario Bros. Movie 2 bekannt. Es könnte eine direkte Fortsetzung des erfolgreichen Films von 2023 sein, jedoch deuten Miyamotos Video und zugehöriger Social-Media-Post darauf hin, dass das Filmuniversum eventuell in eine vollständig neue Richtung erweitert wird.