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Der vor zehn Jahren freigesetzte Virus hat den größten Teil der Menschheit ausgerottet und die wenigen Überlebenden hausen in städtischen Ruinen, die von ihrer einstigen Zivilisation übrig geblieben sind. Während einer Expedition in den Wald trifft eine Gruppe um Malcom (Jason Clarke) auf ein intelligentes Volk der Affen, das dort unter der Führung von Caesar (Andy Serkis) lebt.
Der renommierte Wissenschaftler Dr. Will Caster arbeitet gemeinsam mit seiner Frau Evelyn auf dem Gebiet der technologischen Singularität. Durch die Erschaffung eines Computersystems, dessen komplexe Verschaltungen wie menschliche Gehirne funktionieren, streben sie die Transzendenz künstlicher Intelligenz an. Ein technologischer Quantensprung, der ihnen zwar viel Lob einbringt, sie jedoch auch zur Zielscheibe von fanatischen Technik-Skeptikern macht.
Dreizehn Jahre nachdem ein Raumschiff mit außerirdischen Lebensformen in Mittelamerika abstürzte und die Menschen zwang, eine Schutzmauer um diese sogenannte infizierte Zone zu errichten, haben sich diese Zonen auf der gesamten Welt ausgebreitet. Zwei Soldaten brechen zu einer lebensverändernden Mission durch das finstere Zentrum des Monster-Territoriums in den Wüsten des Mittleren Ostens auf. Als sie ihr Ziel erreichen, müssen sie der Befürchtung ins Auge sehen, dass die wahren Monster auf dem Planeten vielleicht gar nicht die Außerirdischen sind.