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Nachdem der Streit zwischen den beiden Gartenzwerg-Familien Zinnoberrot und Blaublut endlich begraben werden konnte und Gnomeo seine Julia heiraten durfte, begeben sich die einstigen Rivalen gemeinsam nach London und leben dort friedlich Gartenzaun an Gartenzaun. Nichts kann das Zwergen-Idyll stören, so scheint es. Doch dann verschwinden plötzlich Gartenzwerge spurlos in der ganzen Stadt, was die heile Zwergen-Welt gehörig aus den Fugen geraten lässt.
Alvin, Simon und Theodore machen Urlaub auf einem Luxuskreuzer und verwandeln die Decks in ihren persönlichen Spielplatz. Aber dann: Die Chipmunks erleiden Schiffbruch! Und landen auf einer öden Insel. Während Dave Seville sich nur Gedanken darüber macht, dass sie sich unerlaubt von der Gruppe entfernt haben, hauen die Chipmunks auf den Putz, wie man es von ihnen kennt. Sie singen, tanzen und verbreiten Chaos. Aber sie erleben ihr blaues Wunder, als sie auf einer Abenteuerinsel einem Schiffbrüchigen begegnen, der Alvin und den Chipmunks durchaus gewachsen ist.
Weil Ersatzvater Dave nach einem Unfall im Krankenhaus liegt, bekommen Chipmunk Alvin und seine beiden Brüder mit Daves Cousin Toby einen neuen Betreuer. Der allerdings ist so liebenswert wie schüchtern und überfordert. Damit sind die Chipmunks auf sich gestellt: in der Schule, wo Alvin über seine neuen coolen Freunde aus dem Footballteam seine Brüder vergisst, sowie im Popbusiness, wo ihr alter intriganter Manager mit den Chipettes, drei süßen Chipmunkgirls, echte Konkurrenz aufgebaut hat, die allerdings nur ihn reich machen soll.
Bisher sind keine spezifischen Details zur Handlung, dem Schauplatz oder den Charakteren vom Super Mario Bros. Movie 2 bekannt. Es könnte eine direkte Fortsetzung des erfolgreichen Films von 2023 sein, jedoch deuten Miyamotos Video und zugehöriger Social-Media-Post darauf hin, dass das Filmuniversum eventuell in eine vollständig neue Richtung erweitert wird.