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Japan, zu Beginn des neuen Milleniums. In den Schulen ist Brutalität und Gewalt an der Tagesordnung. Die Regierung sieht sich gezwungen, einzugreifen und ein Exempel zu statuieren. Ein Battle Royale-Gesetz soll die randalierenden Schüler wieder zur Raison bringen. Jährlich wird nun eine Schulklasse willkürlich ausgewählt und auf einer verlassenen Insel ausgesetzt. Die Regeln des Spiels sind simpel, aber gnadenlos: Jeder Teenager wird mit ausreichend Proviant sowie einer tödlichen Waffe ausgerüstet. Nach drei Tagen darf nur mehr ein einziger Überlebender auf der Insel auffindbar sein. Und so nimmt ein grauenvolles Abschlachten seinen Lauf. Denn wenn sie sich nicht fügen, werden alle unbarmherzig exekutiert.
Um den permanenten Angriffen Godzillas auf Japans Städte ein Ende zu bereiten wird das G-War Hauptquartier eingerichtet. Dort entwickelt man eine Anti-Godzilla-Bombe die ein schwarzes Loch erzeugt, das das grüne Monster aufsaugen soll. Während eines letzten Tests unterläuft ein Fehler und das Tor zu einer anderen Dimension wird geöffnet. Heraus kommt eine Riesenlarve aus der nach kurzer Zeit 5-Meter-lange Riesenlibellen schlüpfen, die Meganulas. Sie sammeln Energie und pumpen sie in eine weitere Larve aus der schließlich jenes Monster schlüpft mit dem selbst Godzilla nicht gerechnet hätte: Megaguirus ein gigantischer Riesenkäfer. Der will sofort Godzillas Energie anzapfen und so wird Japan schließlich zum Schlachtfeld auf dem sich Godzilla, Megaguirus und die Menschheit gegenüber stehen...