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Der vor zehn Jahren freigesetzte Virus hat den größten Teil der Menschheit ausgerottet und die wenigen Überlebenden hausen in städtischen Ruinen, die von ihrer einstigen Zivilisation übrig geblieben sind. Während einer Expedition in den Wald trifft eine Gruppe um Malcom (Jason Clarke) auf ein intelligentes Volk der Affen, das dort unter der Führung von Caesar (Andy Serkis) lebt.
Eines Tages wacht Thomas in einem Aufzug auf, aber das einzige, woran er sich erinnern kann, ist sein Vorname. Seine gesamten restlichen Erinnerungen sind verschwunden. Er stellt fest, dass er nicht allein ist: Als sich die Aufzugtür öffnet, strömen weitere Kinder auf ihn zu und begrüßen ihn. Der Ort, an dem er angekommen ist, nennt sich „die Lichtung“ und wird von einer großen Steinwand umschlossen. Genau wie Thomas wissen auch die anderen Kinder nicht, warum sie dort sind und wie sie dorthin gelangt sind. Sie wissen nur, dass sich jeden Tag große Türen in der Steinwand zu einem Irrgarten öffnen, der hinter den Mauern liegt. Nachts schließen sich die Türen wieder und alle 30 Tage wird ein neuer Jugendlicher mit dem Aufzug gebracht...
Ein gewaltiger Meteorit steuert auf die Erde zu und schickt schon mal ein paar Ladungen voraus. Die NASA plant darauf, den Brocken in viele kleine zu sprengen und schickt ihr bestes Astronautenteam. Unterdessen macht ein Feuerwehrmann auf Erden eine unschöne Entdeckung: Mit dem ersten Meteoritenschauer kamen außerirdische Invasoren und entführen nun unter anderem die Tochter des Feuerwehrmanns. Da versteht der Papa keinen Spaß und geht zum Gegenangriff über. Dabei entdeckt er die Achillesferse der Aliens.