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Ein junger Mann wird halb tot, mit 2 Kugeln im Rücken und totaler Amnesie von Fischern aus dem Mittelmeer gezogen. Die Suche nach seinem Ich und seiner Vergangenheit führt ihn nach Zürich, wo er in einem Schließfach Hinweise auf seine Identität findet. Er ist Jason Bourne und auf der Flucht vor seinem ehemaligen Arbeitgeber, der CIA. Schon haben sich Agenten an seine Versen geheftet um ihn aus dem Weg zu räumen, doch mit Hilfe der Touristin Marie gelingt ihm fürs erste die Flucht...
Um das dunkle Kapitel seiner Vergangenheit endlich auszulöschen, muss Jason Bourne sich dieser stellen. Das Projekt, welches ihn erschuf, wird auch weiterhin illegal fortgesetzt. Bourne macht sich daran, den Mord an seiner Freundin zu rächen. Unterstützt wird er dabei von Nicki, einer ehemaligen Agentin und der CIA-Agentin Landy. Doch auch der CIA-Chef Vosen hat seine Killer schon auf Bourne angesetzt, damit alle Gefahren für die Weiterführung des Projekts beseitigt werden.
Eine alternative Realität im Jahre 1985: Die USA haben Vietnam besiegt, Richard Nixon tritt seine dritte Amtszeit an. Das nukleare Wettrüsten mit der Sowjetunion steht kurz vor der kriegerischen Eskalation. Niemand ist in der Lage, die drohende Apokalypse abzuwenden. Weder der durch einen Strahlenunfall zum gottgleichen Dr. Manhattan mutierte Physiker Jon Osterman, noch die maskierten Watchmen, die durch einen Staatserlass in den Ruhestand gezwungen wurden. Plötzlich geht ein Mörder um, der nach und nach die ehemaligen Helden umbringt. Der psychopatische, zur Gewalt neigende Ex-Superheld Rorschach macht sich daran die Mordserie zu untersuchen.
Sherlock Holmes und sein Partner Dr. Watson haben es geschafft, einen der kaltblütigsten Mörder des 19. Jahrhunderts festzunehmen. Lord Blackwood hat zahlreiche Menschen auf dem Gewissen und muss dafür nun selber am Galgen baumeln. Dies scheint ihm jedoch wenig auszumachen, denn er beherrscht die Kunst der schwarzen Magie und verspricht Holmes, dass er auch nach seinem Tod noch weitere Menschen ermorden wird. Holmes hält nicht viel von dieser Drohung, doch als plötzlich die Morde wieder losgehen, beschließt er, die Leiche Lord Blackwoods zu exhumieren. Dabei stellt sich erschreckenderweise heraus, dass jemand anderes in dessen Sarg liegt. Nun sind also wieder Holmes und Watson gefragt und müssen dem mysteriösen Treiben ein Ende setzen...
Die Astronauten Payton und Bower erwachen aus einem Tiefschlaf und finden sich an Bord eines riesigen Raumschiffs wieder. Ihre Erinnerung ist komplett ausgelöscht: Weder wissen sie, wie lange sie geschlafen haben, noch, warum sie hier sind. Doch ihnen bleibt nicht viel Zeit zum Überlegen, denn das Energiesystem des Raumschiffs steht kurz vor dem Zusammenbruch. Per Funk lotst Payton Bower durch enge Luftschächte zum Reaktor, damit er diesen reparieren kann. Schnell wird klar, dass die beiden nicht allein sind und sich in großer Gefahr befinden.
Im Jahr 1959 wird auf Anregung von Lucinda Embry, einer Schülerin einer neu eröffneten Grundschule, eine Zeitkapsel vergraben, in der die Schüler ihre Wünsche und Visionen für die Zukunft einschließen sollen, die sie in Form von Bildern gemalt haben. Als die Zeitkapsel 2009 wieder geöffnet wird, werden die Bilder unter den heutigen Schülern verteilt, nur Lucindas Aufzeichnungen landen bei dem jungen Caleb Koestler, der sich jedoch statt Bildern mehreren Seiten mit endlosen Zahlenreihen gegenüber sieht. Dessen Vater John, ein Astrophysiker, kann nach einer Weile die Kolonnen entschlüsseln und hält somit Aufzeichnungen über alle großen Katastrophen auf diesem Planeten der letzten 50 Jahre in den Händen. Nur drei stehen noch aus, doch die letzte wird den ganzen Planeten bedrohen...
Ein doppelt riskanter Job: drei Jahre lang erledigt der hochbegabte Computerspezialist Michael Jennings Geheimaufträge für die Rethrick-Corporation. Er weiß genau, auf was er sich dabei einlässt. Denn die Bezahlung ist hoch! Einzige Bedingung: alle Erinnerungen werden nach Beendigung der Projekte aus dem Gedächtnis gelöscht. Doch statt des Geldes erwartet ihn nur ein Umschlag mit zwanzig scheinbar wertlosen Dingen. An der Seite Rachels beginnt ein lebensgefährliches Verwirrspiel zwischen Vergangenheit, Gegenwart und Zukunft.
Als Familienvater Adam Gibson (Arnold Schwarzenegger) eines Tages von der Arbeit nach Hause kommt, muss er schockiert feststellen, dass ein Klon seinen Platz eingenommen hat. Noch ehe er herausfinden kann, wer ihn geklont hat und warum, ist ihm auch schon die Killertruppe eines mächtigen Wirtschaftskartells auf den Fersen. Doch so leicht lässt sich Gibson nicht abservieren und setzt alles daran, sein altes Leben wieder zurück zu bekommen. Bald wird auch seinen Widersachern klar, dass sie den falschen Mann geklont haben!