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Nachdem Ellen Ripley, die kleine Newt, Soldat Hicks und der Android Bishop von LV 426 entkommen sind und sich mit dem Raumschiff USS Sulaco auf dem Rückweg zur Erde befinden, bricht wegen des säurehaltigen Blutes eines Facehuggers ("Gesichtsumklammerer") auf einem Zwischendeck ein Feuer aus. Eine Rettungskapsel wird abgesprengt und macht auf dem Planeten Fiorina "Fury" 161, auf dem sich nur eine Strafkolonie befindet, eine Bruchlandung. Corporal Hicks und Newt sterben bei dem Aufprall bzw. durch Ertrinken, der Android Bishop ist nicht mehr funktionsfähig. Neben Ripley überlebt die Landung nur ein Facehugger, der sich in einem Rottweiler schnell einen neuen Wirt sucht. Das kurz darauf neugeborene Alien beginnt bald die Strafgefangenen zu dezimieren.
200 Jahre nach ihrem Tod wird Ellen Ripley von skrupellosen Militär-Wissenschaftlern an Bord des terranischen Raumkreuzers U.S.M. Auriga wieder zum Leben erweckt: In einer Testreihe werden die Gene ihrer Überreste so oft geklont, bis es gelingt, sie und die Alien-Königin in ihrem Körper lebensfähig zu halten. Wider Erwarten überlebt sie den Eingriff, bei dem die Königin operativ aus dem Körper entfernt wird. Die Wissenschaftler wollen die xenomorphen Aliens für den militärischen Einsatz weiterzüchten. Zu diesem Zweck benötigen sie Wirtskörper, die ihnen von Weltraumpiraten in Form von entführten Kolonisten geliefert werden. Bald schon schlüpfen die ersten Aliens, die in vermeintlich ausbruchsicheren Käfigen untergebracht werden.
Wissenschaftler des SETI-Instituts, einer amerikanischen Einrichtung zur Erforschung von Signalen aus dem Weltraum, empfangen eine Art DNA-Bauanleitung. Sie sollten es eigentlich besser wissen, aber im Sinne der Wissenschaft probieren sie die Instruktionen natürlich aus. Zuerst entwickelt sich nur ein unscheinbares kleines Mädchen, doch schon bald wird klar, daß das Kind übermenschliche Kräfte hat. Doch alle Erkenntnis und Reue kommen zu spät, denn das Wesen kann fliehen, und es wird ein Team von “Spezialisten” angeheuert, die es unschädlich machen soll.
Mitten im Atlantik haben amerikanische Wissenschaftler das Unterwasserlabor “Aquatica” eingerichtet, wo sie medizinische Experimente mit genmanipulierten Haien durchführen. Doch plötzlich entwickeln die Versuchstiere beunruhigende Eigenschaften: Sie werden immer größer, immer intelligenter und immer boshafter. Als ein gewaltiger Sturm über die künstliche Insel hereinbricht, gelingt es den Haien, sich zu befreien. Für die Wissenschaftler beginnt eine Jagd auf Leben und Tod.
Sie ist mächtig. Sie ist intelligent. Und sie will die Erde übernehmen. Eine außerirdische Lebensform hat die Kontrolle über ein russisches Forschungsschiff an sich gerissen. Doch bevor sie ihre Besiedelungspläne durchführen kann, muss sie einen Virus auslöschen. Das Virus heißt Mensch. Nur eine Handvoll Glücksritter kann das Alien stoppen: Captain Everton, seine Navigatorin Kit, der Ingenieur Steve und der Rest der Crew fliehen auf hoher See vor einem Taifun. Doch ihre Flucht endet in Terror und Todesangst - die außerirdische Macht will die menschlichen Viren vernichten...