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Acht Jahre sind vergangen, seitdem Batman die Verbrechen von Two-Face auf seine Kappe genommen hat und für immer aus Gotham vertrieben wurde. Acht Jahre, in denen der fragile Frieden in der Metropole Bestand hatte. Doch als der nihilistische Bane die Stadt mit Terror von ungeahntem Ausmaß überzieht und der Polizei ihre Grenzen aufweist, hat Bruce Wayne keine andere Wahl. Er muss sein Versteck verlassen und den Schwarzen Rächer wieder zu Leben erwecken: Nur Batman kann die Stadt retten, die ihn zu ihrem größten Feind erklärt hat.
Der vor zehn Jahren freigesetzte Virus hat den größten Teil der Menschheit ausgerottet und die wenigen Überlebenden hausen in städtischen Ruinen, die von ihrer einstigen Zivilisation übrig geblieben sind. Während einer Expedition in den Wald trifft eine Gruppe um Malcom (Jason Clarke) auf ein intelligentes Volk der Affen, das dort unter der Führung von Caesar (Andy Serkis) lebt.
Hilflos muss der Wissenschaftler Will Rodman mit ansehen, wie sein einstmals brillanter Vater an Demenz dahinsiecht. Er beginnt mit Schimpansen zu experimentieren, um ein Gegenmittel zu finden. Nach einem Vorfall im Labor bringt Will das Schimpansenbaby Caesar nach Hause und zieht das hochentwickelte Herrentier wie ein Familienmitglied groß.