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Auf den Straßen von Gotham City herrscht noch immer keine Ruhe. Ein Haufen selbst ernannter Batman-Imitatoren macht Jagd auf das organisierte Verbrechen und muss dabei ein ums andere Mal vom Original gerettet werden. Die Polizei ist deshalb gar nicht gut auf den Mann im Fledermauskostüm zu sprechen, der die Justiz einfach in die eigenen Hände nimmt. Als ein neuer Stern an Gothams Himmel erstrahlt – der Staatsanwalt Harvey Dent verschreibt sich dem Kampf gegen Verbrechen und Korruption – stehen nur noch Lieutenant Gordon, Butler Alfred und Erfinder Lucius Fox Batman treu zur Seite.
Acht Jahre sind vergangen, seitdem Batman die Verbrechen von Two-Face auf seine Kappe genommen hat und für immer aus Gotham vertrieben wurde. Acht Jahre, in denen der fragile Frieden in der Metropole Bestand hatte. Doch als der nihilistische Bane die Stadt mit Terror von ungeahntem Ausmaß überzieht und der Polizei ihre Grenzen aufweist, hat Bruce Wayne keine andere Wahl. Er muss sein Versteck verlassen und den Schwarzen Rächer wieder zu Leben erwecken: Nur Batman kann die Stadt retten, die ihn zu ihrem größten Feind erklärt hat.
Im Jahre 2027 hat die Menschheit die Zeugungskraft verloren und steuert in einem letzten anarchistischen Aufbäumen dem eigenen Aussterben entgegen. Mittendrin: Theo, einst idealistischer Kämpfer für eine bessere Welt, jetzt resignierter, angepasster Regierungsagent in einem mitleidslosen Wettlauf um die Macht auf den kriminellen Straßen. Sein neuer Auftrag ist anders als die anderen: Er soll die junge Kee beschützen. Auf Kee hat es die ganze Welt abgesehen. Denn Kee ist schwanger.
Der vor zehn Jahren freigesetzte Virus hat den größten Teil der Menschheit ausgerottet und die wenigen Überlebenden hausen in städtischen Ruinen, die von ihrer einstigen Zivilisation übrig geblieben sind. Während einer Expedition in den Wald trifft eine Gruppe um Malcom (Jason Clarke) auf ein intelligentes Volk der Affen, das dort unter der Führung von Caesar (Andy Serkis) lebt.
Hilflos muss der Wissenschaftler Will Rodman mit ansehen, wie sein einstmals brillanter Vater an Demenz dahinsiecht. Er beginnt mit Schimpansen zu experimentieren, um ein Gegenmittel zu finden. Nach einem Vorfall im Labor bringt Will das Schimpansenbaby Caesar nach Hause und zieht das hochentwickelte Herrentier wie ein Familienmitglied groß.