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Im Jahre 2027 hat die Menschheit die Zeugungskraft verloren und steuert in einem letzten anarchistischen Aufbäumen dem eigenen Aussterben entgegen. Mittendrin: Theo, einst idealistischer Kämpfer für eine bessere Welt, jetzt resignierter, angepasster Regierungsagent in einem mitleidslosen Wettlauf um die Macht auf den kriminellen Straßen. Sein neuer Auftrag ist anders als die anderen: Er soll die junge Kee beschützen. Auf Kee hat es die ganze Welt abgesehen. Denn Kee ist schwanger.
Der vor zehn Jahren freigesetzte Virus hat den größten Teil der Menschheit ausgerottet und die wenigen Überlebenden hausen in städtischen Ruinen, die von ihrer einstigen Zivilisation übrig geblieben sind. Während einer Expedition in den Wald trifft eine Gruppe um Malcom (Jason Clarke) auf ein intelligentes Volk der Affen, das dort unter der Führung von Caesar (Andy Serkis) lebt.
Hilflos muss der Wissenschaftler Will Rodman mit ansehen, wie sein einstmals brillanter Vater an Demenz dahinsiecht. Er beginnt mit Schimpansen zu experimentieren, um ein Gegenmittel zu finden. Nach einem Vorfall im Labor bringt Will das Schimpansenbaby Caesar nach Hause und zieht das hochentwickelte Herrentier wie ein Familienmitglied groß.