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Die Entdeckung einer altertümlichen, tief im Eis der Antarktis begrabenen Pyramide durch den milliardenschweren Industriellen Charles Bishop Weyland (Lance Henriksen) zieht ein Team von Wissenschaftlern und Abenteurern an den eisigen Südpol. Was die Forscher, angeführt von der unerschrockenen Alexa "Lex" Woods (Sanaa Lathan) dort unten erleben, fasziniert sie zunächst, entwickelt sich jedoch bald zu einem grauenvollen Horrortrip: Sie geraten zwischen die mörderischen Fronten von Alien und Predator, die 700 Meter unter der eisigen Oberfläche einen Krieg führen. Gegen diese außerirdischen Monster haben Menschen eigentlich keine Chance ... Zwei außerirdische Stämme im Krieg - tief im Inneren unseres Planeten. Egal wer gewinnt, wir werden die Verlierer sein...
Es soll lediglich eine Eskorte gefährlicher Sprengköpfe sein, die alles zerstörende Nano-Roboter beinhalten, doch für Captain Hauser und seinen Armeekollegen Weems kommt die Terrororganisation Cobra in die Quere, die nach der Weltherrschaft greift. Die brandgefährliche Baroness versucht im Auftrag des gemeingefährlichen "Doctor", die Sprengköpfe als Druckmittel in die Finger zu bekommen, als eine Spezialeinheit namens "G.I.Joe" unter der Führung von General Clayton "Hawk" Abernathy in letzter Minute eingreift. Einmal in Kontakt mit der Gruppe sehen Hauser und Weems in der mit neuester Kampftechnik ausgestatteten Gruppe eine ganz große Chance und bemühen sich um Beitritt zur Eliteeinheit...