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Auf eine Reihe schlechter Erfahrungen mit Monsterattacken in der Vergangenheit reagiert die UNO mit einer genetisch modifizierten Kämpferbrigade, die sich des Problems bislang auch erfolgreich annimmt. Nun jedoch erscheinen wie aus dem Nichts Dutzende von Monstern gleichzeitig in allen Weltmetropolen und richten verheerende Zerstörungen an. Tatsächlich entpuppt sich ihr Auftreten als Vorbote und Druckmittel außerirdischer Invasoren. Die aber haben die Rechnung ohne Godzilla und dessen Nachfahre Minira gemacht.
2065: Nach dem Einschlag eines Meteors überschwemmen bösartige Aliens die Erde. Die Wissenschaftlerin Dr. Aki Ross birgt die letzte Hoffnung für die Menschheit. Unterstützt durch ihren Mentor Dr. Sid und die Soldatentruppe "Deep Eyes", unter Führung von Captain Gray Edwards, kämpft Dr. Ross nicht nur gegen die Aliens, sondern auch gegen General Hein, der auf eigene Faust versucht die Welt vor dem Untergang zu bewahren ...
Laras vor Jahren verstorbener Vater macht in einer Nacht, in der eine ungewöhnliche Sternenkonstellation eine bevorstehende absolute Sonnenfinsternis ankündigt, auf sich aufmerksam. Die aus dem Schlaf gerissene Lara findet eine Uhr, die eine verschlüsselte Nachricht ihres Vaters enthält: Vor Tausenden von Jahren sei ein Himmelskörper auf der Erde eingeschlagen, in dem die Menschen eine mysteriöse, kristalline Substanz gefunden hätten. Geformt zu einem allsehenden Auge verlieh sie überirdische Macht. Aufgrund der daraus entstehenden Gefahr ließ ein Priester das Auge teilen und versteckte die beiden Teile an geheimen Orten. Setzt man diese Teile wieder zusammen, kann das Auge alle 5000 Jahre seine volle Wirkung entfalten. Und genau zu diesem Zweck hat über Jahrtausende ein Geheimbund existiert, der das Auge und damit die Macht an sich reißen will: der berühmt-berüchtigte Bund der Erleuchteten!
Lara Croft befindet sich in einem globalen Wettlauf gegen den größenwahnsinnigen Wissenschaftler Dr. Jonathan Reiss, der mit Hilfe der sagenumwobenen Büchse der Pandora unvorstellbaren Schrecken über die Menschheit bringen will. Um zu verhindern, dass das antike Artefakt in die falschen Hände gerät, verfolgt Lara die Machenschaften von Dr. Reiss und seinem Team über mehrere Kontinente, die nervenzerfetzende Jagd führt sie von Europa über Asien bis hin nach Afrika. Der Wissenschaftler bleibt dabei nicht das einzige Problem, denn auch das chinesische Verbrechersyndikat von Chen Lo interessiert sich brennend für die sagenumwobene Büchse der Pandora.