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Der kleine Pandabär Po macht in China eine Ausbildung zum Nudelsuppen-Meister. Doch in Wirklichkeit möchte er viel lieber ein berühmter und starker Kung-Fu Kämpfer werden, obwohl sein pummeliges Äußeres und seine Naschsucht vehement dagegen sprechen. Doch Po hat Glück: Eine Prophezeiung sieht vor, dass ein kleiner Bär gegen den gefürchteten Schneeleoparden Tai Lung antreten muss, um das Tal des Friedens zu retten. Es liegt nun an Master Shifu und den fünf Kung-Fu Meistern Tigerin, Kranich, Gottesanbeterin, Viper und Affe den pfundigen Bären zum starken Krieger zu machen.
In ihrem neuen Abenteuer möchten Alex, Marty, Melman und Gloria die Insel Madagaskar, wo sie nach einer längeren Odyssee gestrandet waren, verlassen, und wieder zurück "nach Hause" in den Zoo im New Yorker Central Park. Die Pinguine machen ein altes Flugzeugwrack wieder flott und die Heimreise kann beginnen. Auch mit an Bord gehen die Schimpansen Mason und Phil sowie King Julien und sein Privatsekretär Maurice. Es glückt zwar der Start des mit Klebeband geflickten Flugzeugs, aber weiter als bis nach Afrika schaffen sie es nicht und landen mit einem harten Aufprall mitten in der Steppe. Alex und seine Freunde treffen diesmal nicht nur auf Artgenossen, sondern sogar auf die eigene Familie und geraten mitten in ein neues turbulent-witziges Abenteuer.
Wissenschaftler Trevor Anderson geht voll und ganz in seiner Arbeit auf - und seinen Theorien über einen möglichen Zugang zum Mittelpunkt der Erde. Bewaffnet mit dem Tagebuch seines verschollenen Bruders macht sich Anderson mit seinem Neffen Sean auf den Weg nach Island, wo er mit Hilfe der attraktiven Bergführerin Hannah geheimnisvollen Spuren nachgehen will. Ein aufziehendes Gewitter lässt die Drei in einer Höhle Zuflucht suchen, wo sie nach einem Fehltritt Kilometer weit stürzen und sich im Kern der Erde wieder finden, wo sie auf Spuren von Andersons Bruder stoßen. Und auf Kreaturen, die seit Urzeiten nicht mehr auf der Erde leben.
Auf die inneren Werte kommt es an! Dave Ming-Cheng (Eddie Murphy), der in einem piekfein-weißen Anzug ungelenk durch New York stakst und seine Umwelt mit ungläubigen Augen betrachtet, kann ein Lied davon singen. Denn dieser "Dave" ist in Wirklichkeit ein Raumschiff, das von einer Crew kleiner Aliens durch den Big Apple gesteuert wird. Deren Captain (nochmal Eddie Murphy) hat die Mission, einen geheimnisvollen Stein aus dem All zu finden, der für das Überleben seines Planeten höchst wichtig ist. Das gestaltet sich unerwartet schwierig. Und so lässt sich "Dave" von der schönen Gina (Elizabeth Banks) und deren Sohn helfen, die den komischen Vogel schnell in ihre Herzen schließen: Ein Raumschiff ist schließlich auch nur ein Mensch...