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2065: Nach dem Einschlag eines Meteors überschwemmen bösartige Aliens die Erde. Die Wissenschaftlerin Dr. Aki Ross birgt die letzte Hoffnung für die Menschheit. Unterstützt durch ihren Mentor Dr. Sid und die Soldatentruppe "Deep Eyes", unter Führung von Captain Gray Edwards, kämpft Dr. Ross nicht nur gegen die Aliens, sondern auch gegen General Hein, der auf eigene Faust versucht die Welt vor dem Untergang zu bewahren ...
Bei seiner Forschung über Intelligenz und Sozialverhalten von Velociraptoren bekommt der berühmte Paläontologe Dr. Alan Grant eine Einladung der reichen Eheleute Paul Kirby und dessen Frau, Amanda Kirby. Beide wünschen, dass Grant sie bei einem Rundflug über die Insel Isla Sorna, die ursprünglich als Dinosaurier Zuchtinsel genutzt wurde, begleitet. Grant willigt schwerenherzens ein, da er auf eine Finanzspende für seine weiteren Forschungen hofft. Auf der Insel während des Rundfluges setzt das Flugzeug plötzlich zur Landung an. Grant protestiert, da er um die Gefahren nur zu gut weiß, wird aber bewusstlos geschlagen.
2029: Astronaut Leo Davidson befindet sich auf einer Routine-Mission durchs Weltall. Plötzlich gerät er in ein Wurmloch und fliegt durch Zeit und Raum. Er landet auf einem Planeten, auf dem sprechende Affen über die Menschen herrschen! Mit Hilfe der sympathischen Schimpansin Ari und einer kleinen Gruppe menschlicher Rebellen widersetzt sich Leo der Gorilla-Armee, welche von General Thade und seinem besten besten Krieger Attar angeführt wird. Nun versuchen sie, einen heiligen Tempel in der Verbotenen Zone zu erreichen, der die schockierenden Geheimnisse der untergegangenen Menschheit enthält - und den Schlüssel für ihre Zukunft...