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Das Spezialkommando unter Major Dutch Schaefer soll im mittelamerikanischen Dschungel Geiseln aus den Händen von Guerilleros befreien, doch die Routinemission wird zum Horrortrip. Die Männer bekommen es nicht nur mit einer Handvoll Rebellen zu tun. In der grünen Hölle lauert ihnen ein Gegner auf, der nicht von dieser Welt ist. Eine Kreatur, die das Töten als reine Lust betrachtet – und Elitesoldaten als willkommene Jagdtrophäen.
Admiral James T. Kirk bekommt das Gefühl, dass die Zukunft nicht annähernd die Abenteuer für ihn bereit hält, die er in der Vergangenheit erleben durfte. Er denkt langsam, dass es etwas für die Jüngeren ist, im Kosmos herum zu galoppieren.
Ein nukleares Unterseeboot der US-Navy wird in 600 Meter Tiefe auf geheimnisvolle Weise außer Gefecht gesetzt. Die Besatzung einer Unterwasser-Ölbohrstation und ein Expertenteam der Navy starten eine gefährliche Rettungsaktion. Was als eine Routinemission beginnt, entpuppt sich jedoch als eine Odyssee in eine Welt voller Abenteuer und Geheimnisse. Bud, der Chef der Unterwasserstation, trifft in den Untiefen der Cayman-Spalte auf eine außerirdische Macht, die unsere Welt für immer verändern kann ...
Nach Spocks ultimativem Opfer kehrt die U.S.S. Enterprise vom Genesis-Planeten zur Erde zurück. Bei der Ankunft stellt sich heraus, dass das Leben zu Hause nicht einfacher sein wird. Scotty wird versetzt, Dr. McCoy scheint verrückt zu werden und die Enterprise wird still gelegt.
Captain Kirk, Spock und "Pille" McCoy machen gemütlich Urlaub auf der guten alten Erde; währenddessen geht auf der funkelnagelneuen Enterprise alles drunter und drüber, weil längst noch nicht alles funktioniert wie es soll.