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Der Motor für das Fortbestehen einer Art ist die Mutation, die unter bestimmten sich ändernden Umweltbedingungen sich von größtem Vorteil erweist. Noch sah sich immer der Mensch, der Homo sapiens, als die Krone der Schöpfung. Doch nun – mit dem Auftritt der Mutanten – sehen sich die Menschen in ihrer Alleinstellung bedroht vom Homo sapiens superior. Und tatsächlich sollen sie von ihrem Thron gestürzt werden. Denn keiner Vertritt mehr die Maxime des Survival of the Fittest als Apocalypse, der erste der Mutanten. Doch Apocalypse ist wenig zimperlich im Kampf ums Überleben, auch Mutanten, die Schwäche zeigen, müssen ausgetilgt und vernichtet werden. Und so müssen die Menschen und die Mutanten um Professor Xavier und Magneto Seite an Seite stehen, um gegen Apocalypse und seinen Selektionsdruck eine Chance zu haben.
Es sah danach aus, als würde Jake Pentecost eine glorreiche Zukunft als Jäger-Pilot haben und die Menschheit so im gigantischen Roboter vor den riesigen Wassermonstern Kaiju beschützen. Damit hätte er in die Fußstapfen seines Vaters Stacker treten können, der sich im Widerstand gegen die Kreaturen aus einer anderen Welt opferte. Aber weil Stacker in Jakes Schwester Mako Mori mehr Hoffnungen legte und der junge Mann die Erwartungen des Vaters nie zu erfüllen vermochte, schmiss er das Pilotentraining und landete in der Unterwelt, wo er Dieb und Schwarzmarkthändler wurde. Doch die Menschheit braucht ihn im Angesicht einer nie zuvor gesehenen Bedrohung. Mako führt ein neues Team junger Jäger-Piloten an, zu dem auch Jake stoßen soll. Gemeinsam mit seinem Rivalen Lambert, der Hackerin Amara und der ebenso mutigen wie konfliktbeladenen Jules Reyes wird Jake Teil der wichtigen Verteidigungstruppe…
Diese sechs Kinder sind keine durchschnittlichen Kinder. Ihre Namen sind Max (14), Fang (14), Iggy (14), Nudge (11), Gazzy (8) und Angel (6). Sie sind menschliche Hybride, denn ihrer menschlichen DNA wurde 2 % Vogel-DNA hinzugefügt. Mit Hilfe ihres Betreuers (Jeb Batchleder) ist es ihnen gelungen, aus dem Labor, welches sie „Die Schule“ nennen, zu entkommen und seitdem leben sie in den Bergen, auch nachdem Jeb stirbt. Als aber die Wärter der Schule, die zur Hälfte Wölfe sind, Angel entführen, begibt sich der Rest der Gruppe auf eine abenteuerliche Reise, um sie zurück zu bekommen. Auf ihrem Weg werden ihre mysteriöse Vergangenheit und auch einige erstaunliche Geheimnisse offenbart...